O protocolo do Exame Médico-Desportivo realizado no CMAD é o estabelecido pelo Instituto do Desporto de Portugal (IDP) e inclui os seguintes parâmetros:

• Identificação
• Declarações pessoais
• Antecedentes pessoais
• Antecedentes familiares
• Antecedentes desportivos 
• Exame biométrico
• Exame Ectoscópico
• Exame Oftalmológico
• Exame O.R.L.
• Exame estomatológico
• Exame do abdómen
• Exame génito-urinário
• Exame cárdio-circulatório e respiratório
• Exames complementares de diagnóstico (ECG, radiografia do tórax)

No âmbito do exame médico-desportivo, para os exames de diagnóstico que seja necessário realizar, será emitida no CMAD a documentação necessária, ao abrigo de um acordo com a Administração Regional de Saúde.
O processo do exame médico-desportivo aos praticantes desportivos é efectuado de acordo com as seguintes prioridades: Desporto amador federado, incluindo os atletas inscritos pelos clubes na Associação de Futebol Popular de Guimarães, Desporto escolar e Desporto informal.
Os interessados nos serviços do CMAD deverão proceder à marcação antecipada da consulta (por telefone, fax ou directamente no próprio local). Aquando da primeira consulta médica no CMAD, aconselham-se os utentes a disponibilizar exames de diagnóstico recentes e outras informações clínicas consideradas relevantes.